马士英那边又急又恨，阮大钺、朱大典这边却像过了年般的高兴。阮大钺接连几天觐见朱常淓，请他出任监国，待收复南京就继位登基。
做皇帝！谁不想？朱常淓做梦都没想到有朝一日皇帝的帽子也能落到自己的头上，兴奋地好几夜没睡着觉。监国？没事儿，不就是个名号嘛，改叫皇上还不是迟早的事。可是，收复南京，这可不是闹着玩的！就自己手头这点兵，打得过清军吗？要是打得过，南京也不会丢了。说实话，别提收复南京了，只要人家清兵不来打杭州自己都烧了高香了。要是清兵来了，会不会先拿自己开刀，要是这样，这皇位敢要吗？别到时候当了几天皇上落得个脑袋搬家就划不来了。
朱常淓想来想去，越来越心烦，皇位到手的兴奋劲儿去了大半。群臣劝进的时候，朱常淓屡次推脱，就是不肯当监国。马士英、阮大钺还以为朱常淓是在学古代贤君的礼让，就带着群臣不断地劝进。朱常淓最终还是耐不住群臣的软磨硬泡，出任监国，心想，要是清兵真来了，武将们打得过咱就打，打不过咱就跑，跑步了就投降，大不了跟朱由崧一样去北京住四合院。
朱常淓当上监国的第二天，赶紧谋求跟清廷讲和，让清兵不要来打自己。朱常淓派去清军营中的求和使者就是陈洪范。这陈洪范不是别人，就是跟着左懋第一起出使北京之时叛明投清的那位。这时候，陈洪范实际上是在充当清廷的内奸。朱常淓知道陈洪范跟清军有联系，所以想着让他去求和，清军多少会给点面子。
朱常淓献给清军的礼单不可谓不厚。首先，割地，明朝同意将苏州、常州、湖州和嘉兴四府全部让给清朝；其次，送钱，明朝给清军金10万两，银500万两；另有珍奇珠宝。
陈洪范到达清军营帐见到清军统帅博洛，将杭州城的底细全盘托出，并力劝博洛急速推进，称只要清军到达杭州外围，自己就可劝朱常淓投降。
陈洪范回到杭州之后，立刻觐见朱常淓。
朱常淓忙问：“清兵可敌乎？”
陈洪范装作十分恐惧的说：“殿下，清军号称十万，旌旗蔽日，连营百里，要是到了这杭州城下，就是靠人抬，这杭州也保不住。”
朱常淓本就胆小，听了陈洪范这般说辞，更加害怕，决意早点投降清朝，免得到时候城破自己被清兵干掉。
六月十四日，清兵到达杭州城下。方国安率领自己手下的一万多兵士出城与清兵作战。朱常淓既然决意投降清朝，索性一不做二不休，早点向博洛表示，自己对大清朝的耿耿忠心。
一时间，世界战争史上的一个超级滑稽的奇怪景象出现了。大明帝国的军队在城外与敌兵作战，自己的君主却从城头上给敌人扔下酒菜，并大声喊道：“南国鄙臣犒赏北朝大兵。”
朱常淓的这一做法，让明清双方的将士都觉得不可思议。城下的清兵纷纷惊愕不已，这朱常淓不是脑子有病就肯定是头有病，不然怎么会做出这般事来？
明军这边更加火大。方国安气得跳脚大骂：“这龟儿子王八蛋怎么回事？老子们为他拼死拼活，他却把酒肉都送给敌人。他妈的还打什么仗！”
副将李泉对方国安说：“自古道忠君乃君子风范，然如今朱常淓根本不配为君，甚至连我大明百姓都不配做的。如此行为，简直亏了他朱家十六辈儿祖宗！”
方国安越想越气，骂道：“走！爷们儿不干了！”
众将各个义愤填膺，纷纷表示不愿意为朱常淓卖命，各个表示要跟方国安一起离开杭州，索性将这不要脸的朱常淓送给满清朝廷。
不到一刻钟，方国安的军马撤的一个不剩。清军不费吹灰之力就进入杭州。
杭州城内君臣听说方国安撤走，个个吓得面色发白。马士英、阮大钺逃出杭州，直奔绍兴而去。朱常淓带着城内没有逃走的文武向清军投降。
清军占领杭州后，博洛广派使者，招降浙江境内的诸侯王。除了鲁王朱以海之外，周王、惠王、崇王前往杭州投降。湖州、嘉兴、绍兴、宁波等地官府也向清军投降。一时间，浙江北部全部归顺清朝。
多尔衮听说博洛收了明朝多个诸侯王，兴奋异常，立刻命博洛将他们全部押送回京。第二年，这些明朝的诸侯全部被杀于北京。
南京的朱由崧、杭州的朱常淓先后被俘北去，当年储君之争的三个核心人物如今去了两个，唯一没被清军俘获的桂王朱常瀛也早就殒命，他的继承者安仁王也病死了，次子朱由榔成了桂藩新的掌舵人。要照东林党的意愿，这朱由榔毫无疑问就是这大明王朝唯一合法的继承人了。可是，事情却不像许多人想的那么简单。大兵压境之下，时局不断变化。朱由榔那边还没有什么举动，浙江和福建却先后建立了新朝廷。
六月，从杭州一路辗转南逃的唐王朱聿键到达福州，受到南安伯郑芝龙的热情招待，并在第二天出任监国。二十多天后，郑芝龙拥戴唐王朱聿键登上皇位，改元隆武。大明王朝史上闻名于世的隆武王朝建立了。
隆武政权建立之后，向尚未被清军占领的南方各省发出诏命，令其大小事务遵令而行，两广、赣南、湖南、四川、贵州、云南等地的大明遗臣们纷纷上表，表示愿意归属隆武朝廷。这时候，身在广西的桂王朱由榔也表示，桂藩大小军政事务，悉听朝廷裁决。如有北伐之事，桂藩愿为前驱。<